2、采用多维分析OPLS-DA和单维分析（student t test）相结合的办法，来筛选组间差异代谢物（VIP>1，p<0.01）
5
分析内容
1、代谢组学分析
1)差异代谢物韦恩图
2)差异代谢物KEGG通路可视化
3)差异代谢物KEGG通路富集分析
4）差异代谢物聚类分析
2、微生物多样性和代谢组学整合分析
1）相关性分析（correlation analysis）
2）普氏分析（Procrustes analysis）
6
结果报告
内容：
1)结题报告
2)结果文件
7
数据保存和递送
招标方提供硬盘，中标供应商负责拷贝数据并送至指定地点
8
完成周期
样本检测合格至项目结题：65个工作日
4
测序平台
Ilumina Hiseq测序平台进行宏基因组测序，测序过程中原装进口测序试剂盒，测序读长为PE150
5
数据质量
原始下机数据测序质量要求：要求Q20≥90%，Q30≥80%
6
数据量
每个样本至少8G clean data
7
数据质控
序列优化（Index、接头序列去除、碱基质量剪切等）、混合拼接组装
二、16个大熊猫粪便样品宏蛋白组测定
1
取样
中标供应商安排专人上门收取所有样品
2
蛋白提取和定量
Tris-饱和酚法提取蛋白，BCA法测定总蛋白含量
3
上机前处理
SDS-PAGE、还原烷基化和酶解、肽段脱盐、定量
4
液相串联质谱
Q-Exactive高级质谱，色谱分离时间180min，流速300nl/min
5
数据库搜索
3、微生物多样性和代谢组学整合分析
1)相关性分析（correlation analysis）
2)普氏分析（Procrustes analysis）
9
结果报告
内容：
1)结题报告
2)结果文件
10
数据保存பைடு நூலகம்递送
招标方提供硬盘，中标供应商负责拷贝数据并送至指定地点
11
完成周期
样本检测合格至项目结题：60个工作日
8
标准分析内容
1、基础分析
1)microPITA分析（从多样性项目中挑选具有代表性的样品进行宏基因组测序）
2)序列组装与基因预测
3)物种与功能注释
4)物种与功能组成分析
5)样本比较分析
6)物种与功能差异分析
7)关联和模型预测分析
8)基于reads的物种和功能注释
2、对于所有宏基因组测序样本进行Binning组装，拼接优势微生物基因组草图。
宏基因组数据构建的本地数据库
6
分析内容
1、使用PEAKS软件进行搜库
1)蛋白定量结果
2)物种分类注释
3)功能注释
4)差异蛋白分析
5)物种与功能组成分析
6)物种与功能比较分析
2、基于宏基因组的数据做宏蛋白数据库的注释
3、蛋白组学和代谢组学的整合分析
1)KEGG通路可视化
2)KEGG通路比较分析
3)KEGG通路富集分析
4)IPATH整合分析
5)相关性网络分析
7
结果报告
内容：
1)结题报告
2)结果文件
8
数据保存和递送
招标方提供硬盘，中标供应商负责拷贝数据并送至指定地点
9
完成周期
样本检测合格至项目结题：50个工作日
三、170个大熊猫粪便、血清样品、竹子样品代谢组学测定
1
取样
中标供应商安排专人上门收取所有样品
2
代谢物提取
采用甲醇-水，超声法提取代谢物，采用2-Chloro-D-phenylalanine内标法对提取进行质控
3
LC/MS分析信息提取
1、LC-MS分析的仪器平台为Waters公司的超高效液相色谱串
联飞行时间质谱UPLCQ-TOF/MS
2、色谱条件为：色谱柱为BEH C18柱
4
代谢物鉴定
1、4个基地的粪便，血清和竹子样本分别比较差异代谢产物，共计18组分析
大熊猫健康和寄生虫检测（大熊猫肠道微生物宏基因组、代谢组及蛋白组研究）技术参数
一、60个大熊猫粪便样品宏基因组测序
1
取样
中标供应商安排专人上门收取所有样品
2
DNA质检和片段化
利用1%琼脂糖凝胶电泳和TBS380检测基因组DNA，使用Covari