微生物反应动力学
• 例如,24 = 16,要表示16是2的多少次幂,可以记 作log216 = 4。
• 根据对数的定义,有: 1. alogaN =N(对数恒等式); 2. 零和负数没有对数;
3. logaa = 1;
4. loga1 = 0;
5. logaaN = N。
指数 对数 幂 真数
ab=N
logaN=b
5 2
1 t
分批培养中细胞浓度的变化 1.延迟期;2.对数生长期;3.减速期;
4.稳定期;5.衰亡期
9.2.1.1 延迟期
• 微生物接种后,细胞在新环境中 有一个适应期。
• 适应期的长短与菌龄、接种量、 辅助酶(活化剂)、以及一些小 分子、离子有关。
9.2.1.2 对数生长期
• 在这阶段中,由于培养基中营养丰富,有毒
记忆为:N/a
N/b 乘 b/a
返回
dX X
dt
式中比生长速率µ与微生物种类、培养温度、培养基 成分及限制性基质浓度等因素有关。(µ是一个变量!!)
在对数生长阶段,细胞的生长不受限制因此比生长
速率达到最大值µm,
dX dt
mX
如在时间t1时的细胞浓度为X1,则在t2时的细胞浓 度为X2
K+1
ES K-1 c
k2 P +E (1) pe
E, S, ES, P 分别代表酶、底物、复合物、产物;
k+1,k-1为正逆反应的速度常数; k2 为复合物分解为产物与酶的反应速度常数
设底物浓度s比酶浓度e大多时,达到准 稳态,此时物料平衡关系:
dc dt
k1es
X 2 X1 exp[ m (t2 t1)]
• 细胞浓度随时间呈指数生长,细胞浓度
增长一倍所需时间称倍增时间(doubling
time, td),
td
ln 2
m
0.693
m
细菌倍增时间:0.25~1h 酵母: 1.15~2h 霉菌: 2~6.9h
9.2.1.3减速期
•经过对数生长期细胞的大量繁殖,培养基中营 养物质迅速消耗,有害物质逐渐积累,细胞的 比生长速率逐渐下降,进入减速期。
辩证自然观:宇宙是由混沌中产生—大爆炸! 此后,
一条以宇观链,即天体演化和地质演变;
一条以微观、宏观链,后又以物理进化、化学 进化、生物进化和社会进化四阶段发展。
物质
场
实物
电弱强引 磁力化学 进化
生物 进化
社会 进化
微观宏观链 夸克
基本粒子 原子核
原子 分子 生物大分子 细胞 生物个体 种群 人类 人类社会 精神
9.2分批培养动力学
• 分批培养指的是一次投料,一次接种, 一次收获的间歇式培养方式。
• 这种培养方式操作简单。 • 发酵液中的细胞浓度、基质浓度和产物
浓度均随时间变化。
9.2.1分批培养中细胞的生长动力学
•在分批培养中细胞浓度X要经历延 迟期、对数生长期、减速期、稳定 期和衰亡期五个阶段。
4 3
1.无抑制性基质时 mS
Km S
式中: S 限制性基质浓度; Km饱和常数。 该式称Monod方程式,是经验公式。
当限制性基质浓度很低时,增加基质浓度可以 提高细胞的比生长速率;但,若限制性基质浓 度接近Km时,再增加其浓度 就不能提高比生长 速率。
插入米氏方程推导
酶促反应动力学
E+S 浓度 e s 此处 :
•6500万年前 恐龙突然灭迹,小型脊椎动物和哺乳动物得以繁衍;
•600∼700万能前 古猿人与古人类分离;
•50万年前
周口店北京直立人出现;
•30-10万年前 非洲智人出现(Nature,03.06.12);
•2万年前
周口店山顶洞人(Homo sapiens)出现;
•公元前221
秦始皇统一中国(至今才百代);
S2
S1
2 1
Q
T
rev
2 1
Q
T
其中,Q是热量传递值,S是熵。熵是那些不可
避免要损失的能量的量度,也是这个过程的 不可逆性的量度。
热力学第二定律:
在孤立系统中,任何自发过程总是朝熵增加方向 变化,即物质总是朝消灭信息,产生混乱方向演化。
生命物质:其演化过程正好相反,是一个由简单、低 级向复杂、高级、更有序化方向发展趋势。
基质 (碳源)
细胞
产物
•方法: 用数学模型定量地描述生物反应过程中细 胞生长速率、基质利用速率和产物生成速 率等因素变化,达到对反应过程有效控制。
已发展出好几种动力学模型,我们介绍一 种“发酵过程动力学分型”。
·课程的叙述方法:
一、微生物发酵过程分型 二、分批培养动力学
1. 细胞生长动力学 2. 基质消耗动力学 3. 产物生成动力学 三、连续培养动力学 1.单级连续培养动力学 2.多级串联连续培养动力学 3.细胞循环使用单级连续培养动力学 四、连续培养的实施
物质少,细胞迅速生长,其生长速率与细胞
浓度成正比:
积分:
dX X
dt
式中:X—细胞浓度(kg/m3); t—时间(s); µ--比生长速率(s-1)。
dX dt
X
dX X
dt
ln X t
X et
对数的概念
• 设ab = N,如果要用a、N表示b,则记作logaN = b, a叫做底数,N叫做真数,b叫做以a为底的N的对数。
•49亿年前
形成太阳系和地球;
•39亿年前
地球上出现原始生命;
•27亿年前
出现会进行光合作用细胞; 大气中氧积累
•17亿年前
出现多细胞生物;
•5.5亿年前(寒武纪) 物种大爆发(1500万年);
•4.3亿年前 (志留纪) 物种大爆发,海洋生物登陆;
•2.5亿年前(二叠纪末)大量物种灭绝(中科大,沈延安)
它们矛盾吗?不!
生命体是远离平衡条件的开放系统,通过外界引 进负熵流,而抵消体系的熵产生,并在一定条件下, 可以形成新的有序结构。生命体是高度有序的!
也可以说:
非平衡是生命体的有序根源和信息根源。
形态:每一个生命都有其典型的形状和形态,这使我 们能将其从周围的世界中识别出来并加以分类。虽然 这些形态彼此之间或多或少都有所不同,但其基本模 式总是分明的,事实上,
但病毒却具有生命物质组成中最重要的两种生 物大分子——核酸和蛋白质。当它入侵寄主细 胞后,又可以借助寄主细胞的蛋白质合成自身 所需要的蛋白质及核酸分子,从而完成自我复 制,进行大量繁殖,这又是非生命物质所不具 备的特征。
熵(Etropy)
• Clausius:热力学第二定律
ds dQ T
或
S
自然似乎是用特定的图形拼接出来的。
科学也许可以定义为:
力图寻找不同形态之间的组织原则,并理想的情况 下,用数学描述这些形态和它们之间的相互关系。
培根:数学是通往科学的道路和钥匙!
大量物理过程可以用方程来描述,即线性微分方 程来描述,如:
万有引力定律(伽利略); 行星运动(牛顿);
白炽金属发出的辐射(普朗克)。
生命的定义
• 能自我长大、自我复制、与外界有能量 和信息交换,并能自我完善和进化的系 统才具备生命的特征。
• 弗里德里希·克拉默:一个通过不断汲取 外部能量来维持甚至扩展其有序结构的 系统。
病毒是种特殊生命
• 病毒不具备细胞结构,在侵入寄主细胞前,既 不能繁殖,也没有新陈代谢,不与环境发生物 质与能量交流,甚至可以像无机物一样获得结 晶,看起来似乎更像非生命物质。
9.1 发酵动力学分型
• 这种动力学分型方法讨论的是产物形成 与底物利用的关系,即产物形成速度与碳 源利用关系。它将微生物发酵过程分为 三个类型:
Ⅰ.产物形成直接与碳源利用有关 Ⅱ.产物形成间接与碳源利用有关 Ⅲ.产物形成表面上与碳源利用无关
9.1.1 第Ⅰ型(与生长相关型)
菌体生长、碳源利用和产物形成几乎同时出现
X2 X1exp[m(t2 t2)]
dX dt
m X
dX X
mdt
X2
t2
dX X
mdt
X1
t1
ln X 2
ln X1
ln
X2 X1
m t2
t1
X 2 X1em t2 t1
et2 t1 exp[ (t2 t1)]
宇观宏观链
总星系 星系团
天体 演化
宇 观 链
星系
恒星
地质
行星(地球) 演化
物质凝聚态
原材料
工农业产品
人 工
(计算机)
自 然
宏 观
人工智能
进
链
化
机器人
信息
地球发展自然史
•137亿年前 宇宙起源于“大爆炸”(1965贝尔实验室阿诺·彭齐亚斯和
罗伯特·威尔逊;普林斯顿大学罗伯特·迪克;苏联乔治.伽莫夫)
一切物质是统一的, 它们有同一个起源。
什么是生命?
• 恩格斯(20世纪初):生命是蛋白质的存 在形式—以蛋白质为中心的生命观;
• 薛定鄂(40年代):生命特征在于生命系 统不断增加负熵。生命依赖于生命系统的 结构完整性。—启发人们从生命系统的遗 传信息方面来探索生命的奥秘;
• 沃森(J.Watson)和克里克(F.Crick)(50年 代):核酸、蛋白质是生命的存在形式, 其中核酸是遗传信息分子,蛋白质是执行 功能的分子。
我们从哪里来? 宇宙从哪里来?
宇宙起源于一次天体大爆炸
科学依据:
• 20世纪20年代比利时乔治·勒梅特提出的 宇宙大爆炸假想。