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▪ 3、超声片段的大小
▪ 打断后的染色质片段的长度应主要集中在 200-1000bp 左右。
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六、测序
▪ ChIP-Seq的原理是：
首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特 异性地富集目的通量测序。研究人员通过将获得的数百万 条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基 因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区 段信息。
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二、原理
染色质免疫沉淀技术 （chromatin
immunoprecipitation assay, ChIP）的基本原理是在活细 胞状态下把细胞内的蛋白质和 DNA交联，超声波将其随机 切断为一定长度范围内的染色 质小片段，然后用所研究的目 的蛋白质特异性抗体免疫沉淀 蛋白质-DNA复合体，从而特 异性地富集目的蛋白结合的 DNA片段。
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四、应用
▪ 1.组蛋白修饰研究 ▪ 2.转录调控分析 ▪ 3.药物开发研究 ▪ 4.有丝分裂研究 ▪ 5.DNA损伤与凋亡分析
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五、优缺点
优点：充分反映生理条件下DNA与蛋白质相互作用 的真实情况，可以找出生理条件下某个DNA结合 蛋白与DNA序列的结合位点，从而反映体内基因 表达调控的真实情况。
缺点：需要一个特异性蛋白质抗体，有时难以获得； 为了获得高等丰度的结合片段，必须实验演示胞 内条件下靶标蛋白质的表达情况；调控蛋白质的 基因获取可能需要限制在组织来源。
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注意事项
▪ 1、抗体与目的蛋白结合的有效性和特异性
▪ ChIP所选择的目的蛋白的抗体是 ChIP实验成功 的关键。因为在蛋白质与染色质交联结合时，抗 体的抗原表位可能因为与结合位点的距离太近， 不能被抗体识别，所以不能有效地在体内形成免 疫沉淀复合物，直接影响ChIP的结果。所以不是 所有的抗体都能做 ChIP实验的，只有经过 ChIP 实验验证后的抗体才能确保实验结果的可靠性。 如果目的蛋白没有商品化的适用于染色质免疫沉 淀实验的抗体，只有其他用途的抗体时，可以先 做蛋白质免疫沉淀检测。如果抗体可以成功的沉 淀蛋白，再进行染色质免疫沉淀实验的检测。
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3、免疫沉淀蛋白和DNA复合物
4、收获免疫复合物（抗体-蛋白质-DNA） 文档仅供参考，不能作为科学依据，请勿模仿；如有不当之处，请联系网站或本人删除。
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▪ 1、酚-氯仿抽提 ▪ 2、硅胶柱纯化
8、染色质免疫共沉淀DNA的分析和 文档仅供参考，不能作为科学依据，请勿模仿；如有不当之处，请联系网站或本人删除。 蛋白质在DNA上结合位点的鉴定
▪ 1.如果目的蛋白靶序列已知，或怀疑某一 序列是目的的蛋白靶序列，则可选用定量 或者半定量PCR方法。
▪ 2.如果目的蛋白的靶序列未知或者研究目 的蛋白基因组分布情况，找出转录因子结 合位点，则可采用ChIP克隆测序，ChIPchip，和ChIP-seq方法
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简介 技术原理 技术流程
应用 优缺点
测序
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一、简介
▪ ChIP 是目前唯一研究体 内DNA与蛋白质相 互作用的方法。不 仅可以检测体内反 式因子与DNA的动 态作用，还可以用 来研究组蛋白的供参考，不能作为科学依据，请勿模仿；如有不当之处，请联系网站或本人删除。
应用领域
▪ （1）判断 DNA链的某一特定位置会出现 何种组蛋白修饰；
▪ （2）检测RNA polymerase II及其它反式 因子在基因组上结合位点的精确定位；
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▪ 2、交联的条件
▪ 交联所用的甲醛终浓度约为 1%，而交联时 间需要预实验来确定。通常的交联条件为 室温10 min。甲醛的交联反应可被加入的 甘氨酸终止。交联时间如果过长，细胞染 色质难以用超声波破碎，影响ChIP结果， 而且实验材料也容易在离心过程中丢失。 交联时间如果过短，则交联不完全，产生 假阴性。
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技 术 示 意 图
三、技术流程 文档仅供参考，不能作为科学依据，请勿模仿；如有不当之处，请联系网站或本人删除。
具 体 操 作 流 程
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1、甲醛交联细胞
5、洗脱免疫复合物
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6、去除甲醛交联
▪ 解交联：加入20ul 5M NaCl（NaCl终浓度 为0.2M).混匀, 65℃,解交联过夜。
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7、DNA纯化
具 体 步 骤
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2、染色质超声断裂
▪ 1.加SDS裂解溶液重悬浮沉淀，冰上10min。 每1min颠倒摇动一次离心管。
▪ 2.把DNA粉碎为长度200-1000bp，置于冰 上。(不同样本都进行超声条件优化实验)
▪ 3.14000rpm离心10min(4℃)，转移上清于 1.5ml离心管。