二、原理
在活细胞状态下固定 蛋白质—DNA复合物， 并将其随机切断为一 定长度范围内的染色 质小片段，然后通过 免疫学方法沉淀此复 合物，特异性地富集 目的蛋白结合的DNA 片段，通过对目的片 段的纯化与检测，从 而获得蛋白质与DNA 相互作用的信息。
三、技术流程
具 体 操 作 流 程
DNA分析
四、应用
组蛋白修饰研究 转录调控分析 药物开发研究 有丝分裂研究 DNA损伤与凋亡分析
五、优缺点
优点：充分反映生理条件下DNA与蛋白质相互作用 的真实情况，可以找出生理条件下某个DNA结合 蛋白与DNA序列的结合位点，从而反映体内基因 表达调控的真实情况。 缺点：需要一个特异性蛋白质抗体，有时难以获得； 为了获得高等丰度的结合片段，必须实验演示胞 内条件下靶标蛋白质的表达情况；调控蛋白质的 基因获取可能需要限制在组织来源。
3.免疫沉淀蛋白和DNA复合物
ChIP稀释液稀 释10倍
加入20μl蛋白 A/G琼脂糖珠
？ 超声染色质液体
？ 2ml超声稀释液
4℃摇床摇动一小时
1000rmp离心2min（4℃） 取50μl上清 液作为对照
1-4μl免疫沉淀 抗体
转移上清液至新离心管
4、收获免疫复合物（抗体-蛋白质-DNA）
样品
等量酚/氯仿/ 异戊醇 （25:24:1）
1/10体积 3mol/l乙酸钠 2倍体积冰冻 无水乙醇
Байду номын сангаас√ √
-80℃冰 箱 1h.1200 0rmp离 心20min， 弃上清
8、染色质免疫共沉淀DNA的分析和蛋白质在DNA 上结合位点的鉴定
(1)如果目的蛋白靶序列已知，或怀疑某一序列 是目的蛋白靶序列，则可选用定量或者半定 量PCR方法。 (2)如果目的蛋白的靶序列未知或者研究目的蛋 白基因组分布情况，找出转录因子结合位点， 则可采用ChIP克隆测序，ChIP-chip，和ChIPseq方法。
40μlProtein A/G Agarose Beads
1×PBS洗3次离心 1000rpm,1min.弃上清， 用4μl 1×PBS悬浮
摇动1-2h，4℃
1000rpm,离心5min,4℃ a 低盐洗脱溶液1ml洗一次 b 高盐洗脱溶液1ml洗一次 c氯化锂洗脱溶液1ml洗一次 d TE溶液(pH8.0)1ml洗两次
染色质免疫共沉淀(ChIP)
目录
一、简介
电泳迁移率变动分析
生物信息学方法
ChIP
酵母单杂交系统
DNA与 蛋白质 相互作 用研究
DNase Ⅰ足纹法
一、简介

ChIP 是目前唯一研 究体内DNA与 蛋白质相互作 用的方法。不 仅可以检测体 内反式因子与 DNA的动态作 用，还可以用 来研究组蛋白 的各种共价修 饰与基因表达 关系。
1、甲醛交联细胞
弃上清
具 体 步 骤
10 ml1×PBS
4000rpm 离心5min 1ml预冷 1×PBS 4000rpm 悬浮 离心5min
新离心管
1ml1.25mol/L 甘氨酸
室温10-20min 预冷1×PBS 洗涤两次
弃上清
4-5ml预冷1 × PBS
转移
2、染色质超声断裂
1.加SDS裂解溶液重悬浮沉淀，冰上10min. 每1min颠倒摇动一次离心管。 2.把DNA粉碎为长度200-1000bp，置于冰上。 不同样本都进行超声条件优化实验。 3.14000rpm离心10min（4℃），转移上清于 1.5ml离心管。
弃上清 每次洗时，在摇床 上摇10min,4℃， 4000rpm离心 5min
5、洗脱免疫复合物
Beads 摇床上摇动10min 12000rpm离心1min
200μlChIP洗脱 溶液洗脱
Beads
200μl,ChIP洗脱溶液 (3次)
取上清
取上清
600μl洗脱液
6、去除甲醛交联
①加5mlNaCl使用NaCl终浓度为 0.2mol/l ②阴性对照+350μlChIP洗脱溶液 +16μl 5mol/l NaCl。 ③65℃,过夜,去交联。
7、DNA纯化 ①酚/氯仿抽提
实验样本 50μl阴性 (600μl) ②硅胶柱纯化 对照
10μlRNase
50μl蛋白酶K
√
√ √ 上清液
√
√ √ 上清液 √ √
12000rmp 离心5min 加入70% 乙醇，悬 浮沉淀， 12000rpm 离心 10min， 去上清， DNA干燥 后， 40μlTE 溶解