案例：甲房地产开发有限公司与乙建设工程公司关于某科技大厦建设工程施工合同纠纷案这是一起较为典型、也较为复杂的建设工程施工合同纠纷案件，其中主要涉及长期以来困扰我国建筑施工领域的“黑白合同”的问题。
本案中，发包人就建设工程先后进行了两次招投标，又先后与同一承包人签订了“黑白”两份内容不一致的建设工程施工合同。
工程竣工后，双方当事人对于以两份施工合同中的哪份合同作为工程款结算的依据存在激烈的争论。
同时由于本案工程施工中存在变更、洽商资料不全，工程管理不规范等问题，导致工程款结算资料严重不足，给工程款结算造成了很大的困难。
我们认为本案的处理对于类似案件的处理具有较大的参考作用。
一、案情介绍2003年3月16日，乙建筑公司通过工程招投标与甲房地产公司签订了《建设工程施工合同》，由乙建筑公司承建甲房地产公司开发的某市白云科技大厦（以下简称“白云大厦”），该合同在某市建设工程施工合同管理处备案。
在此过程中，双方又就大厦建设分步签订了正负零以下工程施工合同协议书、正负零以上工程施工合同协议书以及钢结构工程施工合同协议书等三份施工合同。
2004年7月20日，工程竣工。
此后，双方多次就工程款结算进行协商，但是一直没有达成一致，乙建筑公司实际占用了白云大厦中的9个楼层拒不交还甲房地产公司。
双方就工程款结算和房屋交还相关问题发生纠纷并诉至法院。
以下为本案的详细案情。
（一）第一次招投标并签订建设工程施工合同（该合同为工程施工过程中双方实际执行的合同，未办理备案手续，简称“执行合同”）甲房地产公司于2003年1月14日对白云大厦工程进行内部招标。
2003年1月28日乙建筑公司就工程施工进行投标。
乙建筑公司实际报价1.15亿元，其中一期工程实际报价2904万元，二期工程实际报价8596万元。
甲房地产公司于2003年2月16日向乙建筑公司发出中标通知书，通知乙建筑公司中标一期工程（正负零以下工程），中标价格2904万元。
2003年3月16日，甲房地产公司与乙建筑公司就白云大厦一期工程（正负零以下工程）建设签订总承包合同。
该合同约定：总价为2904万元；移交工程后30日内，完成工程结算；本工程在有关部门备案的合同及招投标文件如与本合同不符，以本合同为准。
2003年6月25日，甲房地产公司再次向乙建筑公司发出中标通知书，通知乙建筑公司中标二期工程（正负零以上工程），中标价格8596万元。
2003年6月30日，甲房地产公司与乙建筑公司就白云大厦二期工程（正负零以上工程）建设签订了总承包合同，双方约定：总价为8596万元；移交工程后30日内，完成工程结算；本工程在有关部门备案的合同及招投标文件如与本合同不符，以本合同为准。
2003年11月15日，甲房地产公司与乙建筑公司就白云大厦钢结构工程建设签订了总承包合同，合同约定：总价为475万元；移交工程后30日内，完成工程结算。
（二）第二次招投标并签订建设工程施工合同（该合同未实际执行，办理了备案手续，简称“备案合同”）2003年3月2日，甲房地产公司向某市建设工程招标投标管理办公室申请招标。
招标方式为公开招标。
在第二次招标的过程中，乙建筑公司已经实际开始进场施工。
2003年3月12日，乙建筑公司投标，报价1.34亿元。
2003年3月13日，评标委员会推荐乙城建公司为中标单位。
招标单位确定乙建筑公司为中标单位。
2003年3月16日，甲房地产公司与乙建筑公司就白云大厦建设签订建设工程施工合同，合同约定：乙建筑公司总承包白云科技大厦建设工程；乙建筑公司延期交付工程或甲房地产公司无正当理由收到竣工结算报告后30日不办理结算承担违约责任；竣工后30日内办理结算，否则计算银行同期利息。
该合同在某市建设工程施工合同管理处备案。
（三）工程竣工及工程款结算2004年7月14日，乙建筑公司向甲房地产公司发送报告，要求甲房地产公司在2004年7月15日组织设计、勘察、监理、总包、质检部门来验收。
2004年7月29日，白云大厦通过五方验收，并向主管部门办理了备案手续。
2004年2月22日，乙建筑公司向甲房地产公司报送地下工程（一期工程）结算资料，一期工程结算价款为3032万元。
2004年8月9日乙建筑公司向甲房地产公司发送地上工程（二期工程）安装部分结算资料。
2004年8月29日，乙建筑公司向甲房地产公司发送地上工程土建部分结算资料。
乙建筑公司报送的二期工程结算价为11454万元。
2005年4月17日，乙建筑公司向甲房地产公司报送完整结算资料，其中一期工程结算价款为3032万元，二期工程结算价款为11454万元，钢结构工程结算价款为480万元，一期工程、二期工程和钢结构工程结算价款共为1.4966亿元。
甲房地产公司自2003年4月开始到2005年6月向乙建筑公司支付工程款共计1.1250亿元，尚欠乙建筑公司部分工程款。
二、本案诉讼情况与案件结果（一）双方就工程款结算等问题发生争议并分别诉至法院1、双方矛盾激化甲房地产公司向乙建筑公司发函后，乙建筑公司并未进行结算，并于2005年10月12日晚组织人员强行进驻白云大厦19－21层。
双方矛盾因此开始激化。
2、甲房地产公司对乙建筑公司提起诉讼，要求乙建筑公司交还房屋（即（2006）一中民初字第208号案件，以下简称“208号案件”）2005年11月5日，甲房地产公司向某市第一中级人民法院起诉请求法院判令乙建筑公司：（1）立即交付房屋；（2）立即进行结算工作；（3）扣减进度保证金180万元；（4）要求被告支付延期交付房屋违约金2594600元（自2004年7月21日至2005年11月5日）及至实际房屋全部交付完毕之日止的违约金；（5）诉讼费用由被告承担。
2005年11月10日，甲房地产公司申请法院强制执行乙建筑公司强行占有的商品房15849.13平方米。
甲房地产公司于2006年3月27日向法院提交了《变更诉讼请求申请书》，要求变更208号案件的诉讼请求，即将起诉书第4项“支付延期交付房屋违约金2594600元”变更为“判令被告支付延期交付房屋损失费5687720.19元”。
3、乙建筑公司对甲房地产公司提起诉讼，要求甲房地产公司支付工程款（即（2006）一中民初字第376号案件，以下简称“376号案件”）2005年11月19日，乙建筑公司向某市第一中级人民法院起诉要求法院判令甲房地产公司：（1）支付结算款3716万元（按2005年4月17日乙建筑公司报送的结算资料）；（2）支付违约金9817439.52元；（3）甲房地产公司承担诉讼费。
2006年1月29日，乙建筑公司向法院提出变更和增加诉讼请求的申请，要求将起诉书第二项诉讼请求“判令被告支付原告违约金9817439元人民币”变更为“判令被告支付违约金4997260元”；要求甲房地产公司立即接受白云大厦1－6层房屋；判令甲房地产公司支付房屋看护费890400元。
（二）法院最初裁定以“执行合同”（“黑合同”）作为工程款结算的依据，并委托鉴定单位以此对工程款进行鉴定（鉴定造价为13206万元）1、甲房地产公司申请鉴定工程款2005年12月15日，甲房地产公司向法院提出申请，请求法院指定一家有相应资质的鉴定单位对乙建筑公司完成工程造价进行鉴定。
后法院确定某市工程造价咨询事务所有限公司（以下简称“某造价公司”）为工程款鉴定机构。
2、法院首先裁定以执行合同进行鉴定（鉴定造价为13206万元）2006年3月，某造价公司以一期工程合同、二期工程合同、钢结构工程合同（“执行合同”）作为鉴定结算的根据，出具了《某市白云科技大厦工程结算鉴定书》，鉴定的白云大厦工程结算价是12696万元。
2006年3月6日，乙建筑公司向法院提交《对白云大厦工程造价鉴定<报告书>的意见（一）》，乙建筑公司认为，双方于2003年3月16日签订的正式施工合同，是经合法的招投标手续确定双方权利义务的唯一合法依据，必须以经备案的正式施工合同为准，才能作出合法正式的鉴定结论。
2006年3月9日，甲房地产公司向法院提交《关于某市白云科技大厦总承包工程造价鉴定之回复意见》，甲房地产公司认为对于《某市白云科技大厦工程结算鉴定书》（按“执行合同”鉴定）的鉴定结论，认为应当扣减210万元，实际结算价应当是12486万元。
2006年3月9日，乙建筑公司向某市第一中级人民法院提交《关于请求不予采纳鉴定结论及变更工程造价鉴定方式的申请》，乙建筑公司不同意造价鉴定，认为《备案合同》是经合法的招投标手续确定双方权利义务的唯一合法依据，也必须作为对白云大厦工程进行造价鉴定的唯一合法依据。
此外乙建筑公司，“坚持认为，在本案中不应对该工程进行造价鉴定”。
2006年3月13日，乙建筑公司向法院提交《对白云科技大厦工程造价鉴定<报告书>的意见（二）》，乙建筑公司认为：原《报告书》中有多处错漏之处，差异之处达到902.61万元。
2006年4月，某造价公司出具《关于<某市白云科技大厦工程结算鉴定书>的复审意见》（按“执行合同”鉴定）：根据甲房地产公司的意见共调减57万元；根据乙建筑公司的意见调增567万元。
综合审查双方意见，复审鉴定结算价为13206万元。
（三）一审法院裁定以“备案合同”（“白合同”）作为工程款结算的依据，并委托鉴定单位以此对工程款进行鉴定（鉴定造价为144015113元）2006年4月，根据乙建筑公司的意见，某造价公司以甲房地产公司与乙建筑公司签订的备案合同为依据做出工程造价鉴定书。
根据鉴定书，鉴定结算价为144015113万元。
2006年4月20日，乙建筑公司向法院提交《关于在鉴定工作中必须执行合同依据的意见》，认为应将440.8万元的变更价款计入鉴定价款中；《备案合同》是鉴定中的唯一有效的合同依据。
2006年5月12日，甲房地产公司向法院提交了《某市白云科技大厦总承包工程工程造价鉴定复审意见之回复》，对总承包工程（执行合同）工程造价鉴定复审意见进行了回复，认为应按照执行合同进行鉴定。
2006年5月14日，乙建筑公司提交《对<关于<某市白云科技大厦工程结算鉴定书>的复审意见>的意见》，乙建筑公司认为：（1）本案中无需对该工程进行造价鉴定；（2）如进行造价鉴定，则备案合同必须是鉴定的基础和唯一合法依据；（3）440.8万元变更价款应完全计入工程造价；（4）应编制工程结算进度。
某造价公司于2006年5月21日对甲房地产公司2006年5月12日提出的回复意见进行了复审，出具了《关于<某市白云科技大厦工程结算鉴定书>的复审意见》（按“备案合同”鉴定），认为鉴定书计算无误，鉴定结算价不予调整；440.8万元变更价款是否计算到工程造价中应由法院最终决定。
（四）法院作出一审判决1、208号案件的一审判决对于甲房地产公司诉乙建筑公司建设施工合同纠纷一案（208号案件），一审法院审理后，根据甲房地产公司的申请，于2006年3月14日以先予执行的方式将白云大厦十九、二十、二十一层楼房收交甲房地产公司；对于甲房地产公司要求乙建筑公司支付进度保证金的请求，法院未予支持；法院以十九、二十、二十一层房屋已有甲房地产公司承诺，一至六层房屋因案外第三人提出异议且未实际交接为由，驳回了甲房地产公司要求乙建筑公司支付延期交房违约金的请求。