案例：甲房地产开发有限公司与乙建设工程公司

关于某科技大厦建设工程施工合同纠纷案

这是一起较为典型、也较为复杂的建设工程施工合同纠纷案件，其中主要涉及长期以来困扰我国建筑施工领域的“黑白合同”的问题。本案中，发包人就建设工程先后进行了两次招投标，又先后与同一承包人签订了“黑白”两份内容不一致的建设工程施工合同。工程竣工后，双方当事人对于以两份施工合同中的哪份合同作为工程款结算的依据存在激烈的争论。同时由于本案工程施工中存在变更、洽商资料不全，工程管理不规范等问题，导致工程款结算资料严重不足，给工程款结算造成了很大的困难。我们认为本案的处理对于类似案件的处理具有较大的参考作用。

一、案情介绍

2003年3月16日，乙建筑公司通过工程招投标与甲房地产公司签订了《建设工程施工合同》，由乙建筑公司承建甲房地产公司开发的某市白云科技大厦（以下简称“白云大厦”），该合同在某市建设工程施工合同管理处备案。在此过程中，双方又就大厦建设分步签订了正负零以下工程施工合同协议书、正负零以上工程施工合同协议书以及钢结构工程施工合同协议书等三份施工合同。2004年7月20日，工程竣工。此后，双方多次就工程款结算进行协商，但是一直没有达成一致，乙建筑公司实际占用了白云大厦中的9个楼层拒不交还甲房地产公司。双方就工程款结算和房屋交还相关问题发生纠纷并诉至法院。以下为本案的详细案情。

（一）第一次招投标并签订建设工程施工合同（该合同为工程施工过程中双方实际执行的合同，未办理备案手续，简称“执行合同”）

甲房地产公司于2003年1月14日对白云大厦工程进行内部招标。2003年1月28日乙建筑公司就工程施工进行投标。乙建筑公司实际报价1.15亿元，其中一期工程实际报价2904万元，二期工程实际报价8596万元。

甲房地产公司于2003年2月16日向乙建筑公司发出中标通知书，通知乙建筑公司中标一期工程（正负零以下工程），中标价格2904万元。2003年3月16日，甲房地产公司与乙建筑公司就白云大厦一期工程（正负零以下工程）建

设签订总承包合同。该合同约定：总价为2904万元；移交工程后30日内，完成工程结算；本工程在有关部门备案的合同及招投标文件如与本合同不符，以本合同为准。

2003年6月25日，甲房地产公司再次向乙建筑公司发出中标通知书，通知乙建筑公司中标二期工程（正负零以上工程），中标价格8596万元。2003年6月30日，甲房地产公司与乙建筑公司就白云大厦二期工程（正负零以上工程）建设签订了总承包合同，双方约定：总价为8596万元；移交工程后30日内，完成工程结算；本工程在有关部门备案的合同及招投标文件如与本合同不符，以本合同为准。

2003年11月15日，甲房地产公司与乙建筑公司就白云大厦钢结构工程建设签订了总承包合同，合同约定：总价为475万元；移交工程后30日内，完成工程结算。

（二）第二次招投标并签订建设工程施工合同（该合同未实际执行，办理了备案手续，简称“备案合同”）

2003年3月2日，甲房地产公司向某市建设工程招标投标管理办公室申请招标。招标方式为公开招标。在第二次招标的过程中，乙建筑公司已经实际开始进场施工。2003年3月12日，乙建筑公司投标，报价1.34亿元。2003年3月13日，评标委员会推荐乙城建公司为中标单位。招标单位确定乙建筑公司为中标单位。

2003年3月16日，甲房地产公司与乙建筑公司就白云大厦建设签订建设工程施工合同，合同约定：乙建筑公司总承包白云科技大厦建设工程；乙建筑公司延期交付工程或甲房地产公司无正当理由收到竣工结算报告后30日不办理结算承担违约责任；竣工后30日内办理结算，否则计算银行同期利息。该合同在某市建设工程施工合同管理处备案。

（三）工程竣工及工程款结算

2004年7月14日，乙建筑公司向甲房地产公司发送报告，要求甲房地产公司在2004年7月15日组织设计、勘察、监理、总包、质检部门来验收。2004年7月29日，白云大厦通过五方验收，并向主管部门办理了备案手续。

2004年2月22日，乙建筑公司向甲房地产公司报送地下工程（一期工程）

结算资料，一期工程结算价款为3032万元。2004年8月9日乙建筑公司向甲房地产公司发送地上工程（二期工程）安装部分结算资料。2004年8月29日，乙建筑公司向甲房地产公司发送地上工程土建部分结算资料。乙建筑公司报送的二期工程结算价为11454万元。

2005年4月17日，乙建筑公司向甲房地产公司报送完整结算资料，其中一期工程结算价款为3032万元，二期工程结算价款为11454万元，钢结构工程结算价款为480万元，一期工程、二期工程和钢结构工程结算价款共为1.4966亿元。

甲房地产公司自2003年4月开始到2005年6月向乙建筑公司支付工程款共计1.1250亿元，尚欠乙建筑公司部分工程款。

二、本案诉讼情况与案件结果

（一）双方就工程款结算等问题发生争议并分别诉至法院

1、双方矛盾激化

甲房地产公司向乙建筑公司发函后，乙建筑公司并未进行结算，并于2005年10月12日晚组织人员强行进驻白云大厦19－21层。双方矛盾因此开始激化。

2、甲房地产公司对乙建筑公司提起诉讼，要求乙建筑公司交还房屋（即（2006）一中民初字第208号案件，以下简称“208号案件”）

2005年11月5日，甲房地产公司向某市第一中级人民法院起诉请求法院判令乙建筑公司：（1）立即交付房屋；（2）立即进行结算工作；（3）扣减进度保证金180万元；（4）要求被告支付延期交付房屋违约金2594600元（自2004年7月21日至2005年11月5日）及至实际房屋全部交付完毕之日止的违约金；（5）诉讼费用由被告承担。2005年11月10日，甲房地产公司申请法院强制执行乙建筑公司强行占有的商品房15849.13平方米。甲房地产公司于2006年3月27日向法院提交了《变更诉讼请求申请书》，要求变更208号案件的诉讼请求，即将起诉书第4项“支付延期交付房屋违约金2594600元”变更为“判令被告支付延期交付房屋损失费5687720.19元”。

3、乙建筑公司对甲房地产公司提起诉讼，要求甲房地产公司支付工程款（即（2006）一中民初字第376号案件，以下简称“376号案件”）

2005年11月19日，乙建筑公司向某市第一中级人民法院起诉要求法院判