蛋白质的修饰是蛋白质工程的重要研究内容，主要通过化学途径进行。其中，侧链的化学修饰是一种常见的方法，涉及巯基、氨基、羧基等基团的化学反应。巯基由于其强亲核性，容易与修饰试剂发生反应，如烷基化试剂。氨基修饰则常见于赖氨酸的ε-氨基，可与三硝基苯磺酸等试剂反应。羧基的修饰方法有限后续修饰。除了侧链修饰，蛋白质的位点专一性修饰也是重要研究方向，包括亲和标记和光亲和标记。亲和标记试剂能专一性地标记于酶的活性部位，导致酶不可逆失活，具有很高的专一性。这些修饰不仅影响蛋白质的结构，还可能导致其生物活性的改变，是蛋白质功能调控的重要手段。