2.寡聚蛋白的组装程 ： （1）蛋白质绝大多数都以寡聚或多聚体形式存在 （一般来说，具有生物学功能的蛋白质都是以同源 （由相同亚基组成）或异源（由不同的亚基组成） 寡聚体/多聚体的形式出现）。
（2）寡聚体的组装过程是一个分子特异识别的过程： “结构域对换模型(domain swapping model)”：寡聚 体的组装是一个亚基的一个“结构域”被另一相同亚 基的相同结构域置换的结果。
③在哺乳动物细胞中，二级去稳定残基包括天冬氨酸 (Asp)、 谷氨酸(Glu)和半胱氨酸(Cys)，；三级去稳定残基是指天冬 酰胺(Asn)和谷氨酰胺(Gln)。
位于N-末端的Asp, Glu和Cys能被一种ArgtRNA-蛋白转移酶(R-transferase)识别，然后在 N-末端加上一个精氨酸残基（为一级去稳定残 基）。而三级不稳定残基先要被一种N末端酰胺 水解酶(N-terminal amidohydrolase)作用而变成 Asp和Glu，之后再被Arg-tRNA-蛋白转移酶作用 而加上一级不稳定残基精氨酸。
（3）分子伴侣蛋白：只与蛋白质分子的非天然构象结合， 而不与已经折叠成天然构象的蛋白分子结合。
（4）蛋白质折叠的质量控制：质量控制的蛋白分子包括 两大类：第一类是分子伴侣蛋白，包括BiP (GRP78), Calnexin, Calreticulin, PDI (Protein disulfide isomerase), PPI (Peptidyl prolyl cis/trans isomerase等等；第二类是糖 基修饰蛋白，包括具有蛋白折叠感受器功能的尿苷二磷酸 -葡萄糖：糖蛋白糖基转移酶(UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase, UGGT)和糖苷酶II (glucosidase II)等。
异结合，并使之脱离运载复合物，同时使运载的核蛋白也与 输入因子α分离。
在该模型中，帮助运输的蛋白分子需要不断重复地发
挥其作用：Ran-GTP/输入因子β复合物，以及输入因子α 都将被转运回到细胞质中，然后在Ran GTP 激活蛋白 （Ran GTP activating protein, RanGAP）的作用下GTP 被水解成GDP；细胞质中形成的Ran-GDP，在与输入因 子β脱离后，可能通过某种机制再被运回到细胞核中，然 后在一种叫做Ran核苷酸交换因子（Ran nucleotideexchange factor, 又被称为RCC1）的作用下转变成RanGTP形式。这样，输入因子β和Ran-GTP都可以分别在细 胞质中和细胞核中进入另一论的核蛋白转运循环。
这两类蛋白在细胞液中似乎是由不同蛋白因子识别 （分别被称为PTS1R和 PTS2R），到过氧化物酶体膜上
后却利用同一个运输通道，这类信号肽在蛋白进入后将被 切除掉。
（6）蛋白定位出错引起的疾病 Zellweger综合症的病人被发现是因为PTS1R
缺陷引起的。这类病人的过氧化物酶体是空的， 不含基质蛋白，但它们的膜蛋白是完整的（说明 膜蛋白是通过一条不同的途径定位的）。
第二类为由3条肽链形成的“三链螺旋(triple helix)”，如胶 原蛋白等；
（1）线粒体蛋白的定位 ： “基质导入序列”（matrix-targeting sequence）：
富含带正电荷的氨基酸（主要是精氨酸和赖氨酸），常
含有丝氨酸和苏氨酸，不含酸性氨基酸（如天门冬氨酸
和谷氨酸）。进入线粒体基质和插入线粒体内膜的蛋白 （如柠檬酸合酶和细胞色素c氧化酶等）只含有上述信号 肽。而进入膜间质的蛋白前体（如细胞色素c）上除了含 有上述信号肽之外还含有一段紧接在后面的所谓“膜间 质导入序列 (intermembrane-space-targeting sequence) ”。 在将插入到外膜的前体蛋白（如外膜孔道蛋白，porin） 的上述共同信号肽之后紧接有一段所谓的“停止转运和 外膜定位序列 (stop-transfer and outer-membrane localization sequence) ”。
（4）膜蛋白的插入和定位： 拓扑序列 (topogenic sequences)（25个氨基酸残
基）：内质网跨膜信号序列（ER cross-membrane signal sequences）,可以位于肽链的N末端或是内部）; 停止转运序列(stop-transfer sequences)；膜锚定序列 (membrane-anchor sequences)。有时候两个、甚至三 个这样的拓扑序列合而为一，比如在细胞色素P450
一、蛋白分子的折叠、组装、细胞内定位及降解
1.蛋白质的折叠： （1）热力学角度：微量热（microcalorimetry）技术（通 过测定所产生的微小热量来估算一个蛋白溶液在热变性过 程中的焓变（enthalpy））。
（2）动力学角度：巨大数目的原子的参与而导致的复杂 性和原子之间相互作用的协同性(cooperativity) 而导致的 快速性（一般在毫秒，甚至更短的时间范围内发生）。
（2）蛋白质的结构特征： ①纤维状蛋白:
一类为由2或3股α-螺旋相互缠绕而成的超螺旋性质的所谓 盘绕圈(coilded coils)结构，在氨基酸序列上表现为由7个残基组 成的周期性重复，其中的第一和第四个残基一般为疏水性残基 （如Leu, Ala等），如纤维蛋白原、肌球蛋白、血影蛋白、角 蛋白、神经丝等;
二、蛋白质的结构与功能
1.蛋白质结构： （1）根据结构进行的蛋白质归类： ①纤维状蛋白(fibrous proteins)，如胶原蛋白、蛛丝蛋白、 蚕丝蛋白等，完成功能时相对比较被动，由较为单一的重 复性二级结构单位组合而成； ②球形蛋白(globular proteins)，如酶、运输蛋白、防御蛋 白等等，完成功能时相对比较主动（在发挥生物学功能的 时候进行分子识别），经常由结构和功能都具有一定独立 性的结构域(domains)组成，含有混合的二级结构成分（α 螺旋和β片层）和随机绕曲。
并在信号肽被切除后，在分子伴侣的作用下折叠成其天然 构象（如果是寡聚体蛋白，在还需要进行组装）。
信号肽决定去向：1). 通过高尔基体和运输小泡而被调 节性地（如胰岛 细胞中的胰岛素、胰岛 细胞中的胰高 血糖素、胰岛腺泡细胞中的各种蛋白酶原、乳腺细胞中的 酪蛋白和乳白蛋白等等）或非调节性地（如肝细胞中的白 蛋白和转铁蛋白、淋巴细胞中的免疫球蛋白、成纤维细胞 中的胶原蛋白和粘连蛋白等等）运送到细胞外面去；2). 通 过运输小泡被运送到溶酶体中（各种酸性水解酶）；3). 先 输送到高尔基体，然后再通过运输小泡送回到内质网腔中。
（3）分泌蛋白的定位： 信号序列：长度一般为16-30个残基；含1或多个碱性
残基；随后接着是6-12个疏水性残基。 当合成的肽链长度为大约70个氨基酸残基时，最先被
翻译出来的N-末端序列作为“信号序列 (signal sequence)” 伸出了核糖体，并被存在于细胞液中的所谓“信号识别颗 粒 (signal recognition particle, SRP)”所特异结合，同时新生 肽链的合成也暂时停止。然后所形成的复合体再与内质网 膜上的所谓SRP受体特意识别和结合。之后，信号识别颗粒 及其受体将脱离核糖体，同时，新生肽链进入存在于内质 网膜上的转位子 （translocon）打开的通道中。这时，新生 肽链的合成重新启动，合成的新剩肽链假如内质网腔中，
步骤：1）.前体蛋白在细胞液中的自由核糖体上被合成， 并释放到细胞液中。2).细胞液中的分子伴侣蛋白，线粒体 输入刺激蛋白（mitochondrial import stimulating factor, MSF）或Hsp70（为细菌中DnaK的同源蛋白），与还未完
全折叠好的前体蛋白分子结合，以维持这种非天然构象， 并阻止它们之间的聚集。3). 前体蛋白上的信号序列与线粒 体外膜上的特异受体/外膜转运酶复合体（Translocase of outer membrane, TOM complex）识别、并被转运跨过外膜。 4). 前体蛋白在膜间质中与位于内膜上的“内膜转运蛋白复 合体（translocase of inner membrane, TIM complex）”接 触并被转运进入线粒体基质。5). 前体蛋白上的基质导入序
列被线粒体基质中的特异蛋白水解酶切除，然后蛋白分子 自发地或在分子伴侣蛋白帮助下折叠形成其天然结构。
（2）细胞核蛋白的定位： “核定位信号(nuclear localization signal, NLS)”。而且都
是通过体积巨大的细胞核孔复合体（大约是核糖体的30倍） 进入细胞核的。
步骤：1). 在细胞质中，核蛋白被合成、并折叠成特定 的三维空间结构，然后暴露在表面的核定位信号（NLS）与 存在于细胞质中的“输入因子α(importin α)”结合，同时， 输入因子α又与另一存在于细胞质中的输入因子β (importin β) 结合。2). 载运蛋白/输入因子α/输入因子β复合物通过输入因 子β与核孔复合体识别，并被转运进入细胞核中（需要消耗 ATP）。在细胞核中，一个叫做Ran的蛋白的GTP结合形式 (Ran-GTP)与进入细胞核中的运载复合物上的输入因子β特
4.蛋白降解： （1）末端规则： ①N-末端为精氨酸、赖氨酸、组氨酸、苯丙氨酸、亮氨酸、 异亮氨酸、酪氨酸、或色氨酸等“一级去稳定残基
(primary destabilizing residues)”的话，蛋白质分子的寿命 不会长于3分钟； ②当N末端为半胱氨酸、丙氨酸、丝氨酸、苏氨酸、甘氨酸、 缬氨酸、或蛋氨酸等“稳定残基 (stabilizing residues)”的时 候，蛋白分子在细胞内可以存在30个小时以上而不被蛋白 酶水解。
3.蛋白定位： 蛋白分子在细胞内的定位决定于其自身的结构 。
定位于细胞不同部位的蛋白分子携带有不同的结构 信号。
20世纪70年代，德国出生的美国科学家Blobel就 提出“信号假说”：每一种蛋白质在真核细胞器中 的定位是通过新生肽链中短暂存在的“信号”序列 协助完成的。1999年，Blobel“因发现蛋白质具有内 在的、支配它们在细胞内的转运和定位的信号”而 获得了诺贝尔生理学和医学奖。