SNP所表现的多态性可以只涉及到单个碱基的变异，这种变 异可由单个碱基的转换 (transition ，嘌呤 >嘌呤或嘧啶 >嘧啶 ) 或颠换 (transversion，嘌呤 <—>嘧啶)所引起，也可由碱基的 插入或缺失所致。但通常所说的SNP并不包括后两种情况。
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2017/9/24
单核苷酸多态性

理论上，SNPs可以分二、三和四等位基因，但人类一 般为二等位基因（biallelic）。二等位基因有4种不同类 型，包括1种转换C>T (G>A)和3种颠换C>A (G>T)、 C>G (G>C)、T>A (A>T)。四种SNPs类型在人类中的 发生频率不同，最常见的为C>T (G>A)转换，约占2/3， 其它3种类型发生的频率相同。之所以转换几率高，可 能是因为CpG二核苷酸上的胞嘧啶残基是人类基因组中 最易发生突变的位点，其中大多数是甲基化的，可自发 地脱去氨基而形成胸腺嘧啶。
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2017/9/24
基因突变

根据遗传信息的改变方式，基因突变又可以分为同义突变、错 义突变和无义突变三种类型：

同义突变：DNA的一个碱基对的改变并不会影响它所编ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ的蛋白 质的氨基酸序列，这是因为改变后的密码子和改变前的密码子是 简并密码子，它们编码同一种氨基酸，这种基因突变称为同义突 变。 错义突变：由于一对或几对碱基对的改变而使决定某一氨基酸的 密码子变为决定另一种氨基酸的密码子的基因突变叫错义突变。 这种基因突变有可能使它所编码的蛋白质部分或完全失活。 无义突变：由于一对或几对碱基对的改变而使决定某一氨基酸的 密码子变成一个终止密码子的基因突变叫无义突变。
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2017/9/24
单核苷酸多态性
Example of an SNP comprising a G>A substitution Electropherograms produced by fluorescence-based sequencing using an ABI 3700 showing the genomic DNA from an individual homozygous for G at the site of the SNP (a) and an individual homozygous for A (b). The base substitution is denoted by an arrow.


SNPs 在基因组中的分布十分广泛，但不同的区域出现的频率不同。 人类单碱基等位基因十分稳定。
人类SNPs大部分(85%)是共有的。
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单核苷酸多态性
SNPs分布区域：
63% Intronic（内含子） 24% Locus region（基因座区） 11% Untranslated region（非翻译区） 1% Nonsynonymous（nsSNPs，错义SNPs） 1% Synonymous（同义SNPs）
单核苷酸多态性

人类基因组中大约估计每个基因有2个常见的错义突变
在公共数据库中至少有500万个SNPs。 仅有少量（可能为50,000–250,000）SNPs在一定程度上（小到中等 度）能反映与疾病发生危险相关的表型。 根 据 SNP 在 基 因 中 的 位 臵 ， 可 分 为 基 因 编 码 区 SNPs （ Codingregion SNPs，cSNPs）、基因周边SNPs（Perigenic SNPs，pSNPs） 以及基因间SNPs（Intergenic SNPs，iSNPs）等三类。
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2017/9/24
单核苷酸多态性

单核苷酸多态性（ single nucleotide polymorphism， SNPs）： 是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的 DNA序列 多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种，占所有已 知多态性的 90%以上。 SNP 在人类基因组中广泛存在，平均 每500-1000个碱基对中就有1个，人类30亿碱基中大约有1000 万个SNPs。
基因多态性 与疾病发生遗传易感性
Gene Polymorphism and Genetic Susceptibility to Disease
2017/9/24
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提 纲
1. 单核苷酸多态性 Single Nucleotide Polymorphism 2. 基因多态性与疾病发生遗传易感性
Gene Polymorphism and Genetic Susceptibility to Disease

根据基因结构的改变方式，基因突变可分为碱基臵换突 变和移码突变两种类型：

碱基臵换突变：由一个错误的碱基对替代一个正确的碱基对的 突变叫碱基臵换突变。碱基替换过程只改变被替换碱基的那个 密码子，也就是说每一次碱基替换只改变一个密码子，不会涉 及到其他的密码子。 移码突变：基因中插入或者缺失一个或几个碱基对，使DNA的 阅读框架（读码框）发生改变，导致插入或缺失部位之后的所 有密码子都跟着发生变化，结果产生一种异常的多肽链。
<1% Splice site（剪接位点）
<1% Unknown coding variant（不明编码变异）
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单核苷酸多态性
人类基因组SNPs研究所揭示的人种、人群和个体之间DNA 序列的差异以及这些差异所表现的意义将对疾病的诊断、 治疗和预防带来革命性的变化。

SNPs应用 多基因病和复杂性疾病如人类肿瘤、糖尿病、自身免疫性疾病、 老 年 性 痴 呆 等 的 遗 传 连 锁 分 析 (linkage analysis) 及 关 联 分 析 (association analysis)，用于疾病易感基因定位和克隆。 “药物基因组学” (pharmacogenomics)研究中用于揭示人群中不 同个体对不同药物的敏感性差异的根本原因。 法医研究的罪犯身份的鉴别、亲子鉴定等。 在器官移植中供体和受体间的配对选择。 研究人类起源、进化和群体遗传学特征。
3. 基因多态性与基因转录调控 Gene Polymorphism and Regulation of Gene Transcription
4. 展望
Future Prospects
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DNA Structure
基因突变

基因突变（mutation)：由于DNA碱基对的臵换、插入或 缺失而引起的基因结构的变化，亦称点突变。