基于酶切的简化基因组测序(RAD)
1. 对于群体进化研究,个体的混样策略是怎样的?
答:如果更关注群体间的遗传多样性差异,希望消除群体内个体遗传差异带来的干扰,可以采用群体内个体混样的策略,我们会进一步在生物信息分析流程中采用优化的群体内SNP纠错与过滤程序达到分析目的。
2. 我们的RAD-Seq建库测序策略是怎样的?
答:建库策略选择基于综合考虑序列碱基质量、测序成本和物种基因组情况,主要有Single‐end 50 bp和Pair‐end 90 bp。
对于有参考基因组的物种,我们建议采用PE90文库测序。
对于无参考基因组的物种,则建议采用SE50文库测序。
3. RAD-Seq测序结果受哪些因素影响?测序成功的标准是什么?
答:设备、耗材、操作问题等方面都会对测序的结果造成影响。
测序成功标准包括:reads 数达标,错误率低,Q20高等。