2005年第17卷第1期33 CEQ8000遗传测序仪的日常维护和常见问题的解决方法
余杏娟
近几年来,随着分子生物学的发展,基因测序工作已越来越成为生命科学研究领域、临床工作等所要开展的重要环节。
特别是随着基因组计划的顺利实施和完成,测序工作以及对基因组序列的了解已更成为科研人员所需的重要信息。
目前,国外的大公司已经相继研制成功了多种类型的成熟的遗传分析仪器,如ABI PRISM的377型,3730型,中山大学肿瘤医院2003年购进贝克曼库尔特公司的CEQ8000 型遗传测序仪。
主要用来进行测序工作,此外还可进行片段分析,单核苷酸多态性(SNP)等研究。
CEQ8000测序仪的原理如下:采用光栅分光,CCD摄像机成像技术,实现四色荧光同时检测,与传统的滤镜及光电倍增管的检测方式相比,光栅及CCD的优势在于更新荧光化学时无需更换任何硬件设备,且灵敏度高,分析速度快。
从激光光源发出的光线被光学元件分成两股,8根毛细管被一束光同时从两面照射,有效提高荧光检测灵敏度和均一性。
该机型的优点是能够提供连续,无需监控的操作,自动灌胶、上样、电泳分离、检测及数据分析,可连续运行24小时无需人工干预。
基于此优点,本实验室只需1名人力就可实现每天96个标本的工作量,保证了科研工作的顺利进行。
但是相应地,该机器也有其自身的缺点,例如,由于自动化,带来日常维护上的诸多应要注意的问题,根据我们的日常操作经验,在这里作一简要介绍,以供同行参考。
首先,要保证每天更换水槽(至少每周为水槽换水1次),这样可以避免胶堵塞毛细管。
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作者单位:510060中山大学肿瘤医院实验研究部628室作者E-mail:yuxingjuan@ 其次,当停机不做标本时,应把胶取出,放进空的黄色管,这样可防止胶变质。
再次,当废胶瓶装满时应及时更换新的,可防止胶返流,堵塞毛细管。
最后,毛细管在机器内最多停留一个月,当停机较长时间时,应把毛细管取出放4℃冰箱,这样可延长毛细管的寿命。
常见问题1:机器报警为毛细管脏或断
处理方法:首先用小棉签(棉签是特制的,不带毛的)去离子水清洁毛细管的感光口。
其次用胶冲洗毛细管,至少要冲洗4~5次,每次用0.4mL胶。
再次,冲洗后作光路校正,如校正不行或毛细管有些管读数低要更换新的毛细管。
更换毛细管后检测光路是否正常的判断依据如下:①第一峰从50开始;②红色、蓝色峰要重合一起;③峰高要大于2000而小于6000。
如果峰高大于6000可以向公司更换一套新毛细管。
常见问题2:初步出来的结果,红黑带无信号或信号低,造成结果差。
处理方法:首先DNA产物干燥的时间不要超过5分钟;其次,保证矿物油覆盖住甲酰胺(SLS),矿物油要用贝克曼公司或Sigma公司的产品;再次,用甲酰胺融解DNA样品时要反复吹打30次以上,使之完全融解;最后把运行方法中的进样时间从原来的15秒调高到25秒。
常见问题3:信号太高,T峰下面带一个G 峰,分析结果乱,形成干扰峰
处理方法:首先,做测序反应时,取量减少或将PCR产物加水稀释后再取样,循环数减少。
其次,纯化后用SLS溶解加大到30µL。
再次.把运行方法中的进样时间从原来的15秒降到8秒。
以上是在使用CEQ8000遗传测序仪过程中的一些工作问题和体会,可供同行参考。
(收稿日期:2004-11-21 修回日期:2005-01-11)。