基因分型
2008年基因分型样本量为30000个； STR,SNP,CNV遗传标记
ABI 3730xl测பைடு நூலகம்仪简介
生物医学研究院 5楼 联系电话：54237651 联系人：夏明英，李士林
主要特性（一）
- 内置一体化自动进样器及样品孔打孔装置； - 内置样品板条形码自动识别； - 100次（9600个样品）运行试剂一次上机； - 自动碱基识别与质量评分判定； - 动态铂金内镀毛细管壁；
12406G
4833T 10646G 4491C
7028T
12705T 14569G
5301T 15607A 9824A 5178A
4715T 5417G 3010T 4216T 663A 11719A
3730xl的总结
基因检测：
2008年对4万个样本进行测序
检测碱基数达到2千4百万个
现可检测的PCR产物长度为600-1000bp
- 氩离子激光光源； 实现实时的、空间连续的测量；可以保证返回的光信息能够达到探测的量级。 激发波长为488nm和514.5nm

毛细管规格: 96道毛细管 毛细管长度: 50cm 凝胶的规格: POP-7液体分离胶

配套的试剂: 基因测序(BigDye3.1v和5×Sequence buffer)
1000样本
10小时
测序的原理

DNA测序的双脱氧链末端合成终止法. Sanger法测序的原理：
用DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物，直到掺入一种链终 止核苷酸为止。 每一次序列测定由一套四个单独的反应构成，每个反应含有所有四种脱 氧核苷酸三磷酸(dNTP)，并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸 (ddNTP)。 由于ddNTP缺乏延伸所需要的3‘-OH基团，使延长的寡聚核苷酸选择性地 在G、A、T或C处终止，终止点由反应中相应的双脱氧而定。每一种 dNTPs和ddNTPs的相对浓度可以调整，使反应得到一组长几百至几千碱 基的链终止产物。 它们具有共同的起始点，但终止在不同的的核苷酸上，可通过高分辨率 变性凝胶电泳分离大小不同的片段进行检测。
SNP遗传标记在SnapSHot反应的结果
原理： 单碱基延伸,单碱基测序.利用延伸引物对PCR产物进行单个碱基的延伸,并引 入尾部的荧光.其荧光的颜色及其荧光出现的位置进行区分其基因型 SnapSHot技术优点： 可以研究样本量少,snp位点多,位点间物理距离较远的SNP检测.
13010G
13263A
主要用途（三）
1、原始数据分析 数据收集软件 （随机配置） Data Collection v3.0 Auto-analysis with GeneMapper® v4.0
Seqencing analysing® v5.2
2、基因测序及分型的运行时间 96样本 1小时40分钟 (3130xl需要6个小时)
基因分型(Liz120, Liz500, ROX500)
主要特性（二）
- 高质量测序结果 • 电泳温度70°，去除二级结构的影响； • 新型Pop-7分离胶，可测900-1100碱基测序长度; • 新型碱基识别与质量评分软件，提高测序准确性; - 最高灵敏度的光路系统 • 毛细管内荧光检测 • 后置超薄CCD检测系统 • 双光束双侧激光激发，荧光信号强度高度均一 • 高灵敏度提高检测DNA的浓度范围 - 超低成本测序平台 • 高灵敏度减少DNA和测序试剂的使用量。 • 胶使用量比3700少30倍 • 高成功率及长读结果减少非电泳相关的整体项目成本 • 更高的自动化减少劳力成本及人为失误的成本
Liz500：FAM(蓝色), VIC (绿色), NED (红色), HEX(黑色) Liz120；ROX500(FAM,JOE,NED,PET) 2、目的片断的大小. Liz500(35-500bp), Liz120(15-120bp)
STR遗传标记基因分型
CNV遗传标记在MLPA反应的结果



不同测序片段分析
200-250bp（36cm）
300-350bp（36cm）
500-650bp(36cm)
不同测序片段分析
150bp-300bp(50cm)
STR遗传标记的测序结果
AC
具有Ploy-A的片段序列
A
基因分型
原理:在一端引物上标记特定的荧光,通过PCR产物长度大小， 检测基因型. 内标选择: 1、荧光.(引物上物加的荧光的类型)