马士基集团1984年在广州设立办事处，这是在中国的第一个办事处；1994年设立马士基（中国）航运公司；同年，投资建设深圳盐田国际集装箱码头；1996年，在中国订购63艘船舶，这是马士基在中国订购船只的开始；1997年，投资建设大连集装箱码头；1998年，江泽民主席接见Maersk Mc-Kinney Moller先生；1998年，设立Mercantile（中国）物流服务公司；1998年，设立上海铁阳多联式运输公司；1998年，成立马士基集装箱工业青岛公司；2001年在成都设立代表处；并于2006年升级为分公司。
2003年，投资建设上海集装箱码头；2003年，大中华地区（Great China Area）设立，包括大陆、台湾、香港、澳门、蒙古，总部设在北京；2003年，投资建设青岛集装箱码头；2004年，投资建设厦门集装箱码头；2005 年，设立马士基集装箱工业东莞公司；2005年，在北京设立新型冷藏集装箱生产厂；2005年，设立马士基中国公司，作为大中华地区所有马士基旗下公司的控股公司。
马士基航运的相关收费：费用描述费用代码AMF - Transport Document Amendment Fee 根据运输单据估计并应托运人、收货人或其代理之要求加以修改的费用BAF - Bunker Adjustment Factor 与船舶燃油成本相关的附加费用BAS - Basis ocean freight 与海运相关的收费BLF - Transport Document Issuance Fee 签发运输单据时估定的费用CAF - Currency Adjustment Factor 与汇率浮动相关的收费CAM - Cargo Declaration Amendment Fee 根据电子货物申报单估定并经修改的费用CAP - Capatazia 与巴西卸货港或始发港的具体费用相关的收费CAS - Controlled Atmosphere Gas Regulation Charge 与提供可调节气体混合物的冷藏集装箱相关的收费CCL - Container Cleaning 与应托运人要求清洁集装箱相关的收费CDD - Submission of Cargo Declaration Data Fee 为提交电子货物申报单而估定的费用CER - Government Agency Certification 与代表客户安排政府机构证明相关的服务CFI - Customs Fine 当马士基航运公司代表托运人、收货人或其代理向海关缴纳罚金时，针对所运货物估定的费用CIP - Cargo Insurance Premium 由马士基代表作为货物保险购买者的客户针对货物运输而向承保人支付的保险费CLF - Freight Collection Fee 与收货相关的费用CLL - Cancellation Fee 针对托运人、收货人或其代理取消已预订服务的行为而估定的费用CNS - Container Nomination Service Fee 当客户为集装箱指定特殊条件时（例如，集装箱的箱龄、集装箱的材料或装货的具体货场等）估定的费用COD - Change of Destination 为货物目的地变更估定的收费CON - Congestion Surcharge 为港口拥堵估定的收费CSC - Container Service Charge 与马士基代表客户处理费用相关的收费（针对肯尼亚进口的特别收费）CSH - Container Shifting Charge 与港内集装箱移泊相关的收费CTO - Container Terminal Order Fee 与制作集装箱码头订舱单据相关的费用CTS - Cold Treatment Charge 与提供特殊冷藏集装箱和探测器并在海运/联运全程中提供每日监测/报告相关的收费CUS - Customs Clearance 与马士基航运公司代表客户安排和执行结关相关的收费DCF - Dangerous Cargo Documentation Fee 与危险货物的单证处理相关的收费DCI - Dangerous Cargo Surcharge - Inland 与危险货物的陆运相关的收费DDF - Documentation Fee - Destination 与目的地单证处理相关的收费DHC - Handling Charge - Destination 与卸货港具体费用相关的收费DIT - Detention in Transit 与应客户要求的运输延期相关的收费DMR - Demurrage Equipment Charge 针对超过免费时限后对马士基航运公司设备的使用而估定，并由托运人、收货人或其代理支付的费用DPA - Transport Arbitrary - Destination 本费用属于附加费，针对通过目的地海港的支线船或驳船运送的货物收取DTS - Detention/Demurrage Combination Equipment Charge (Merchant Haulage) 针对超过免费时限后仍使马士基航运公司设备逾期滞留而估定，并由托运人、收货人或其代理支付的费用EBS - Emergency Bunker Surcharge 与船舶燃油成本过高相关的收费EDI - Electronic Data Interchange Fee 与代表客户向港口、海关部门和/或其他政府或准政府机构提供电子数据交换(EDI) 相关的收费EFS - Export Intermodal Fuel Surcharge 与出口联运燃油成本相关的收费EMF - Equipment Management Fee. 设备管理费适用于所有整箱出口集装箱，收取范围覆盖以下服务费用：- 与发给所有出口托运人的高保封条（包括这些封条的采购、存储和处理）相关的费用- 与向经批准的货车司机签发运输通知（又称集装箱交接单，EIR）以示意其收集空集装箱相关的费用。
- 与在装船或从船舶上卸货时检查所有整箱集装箱的封条状态和状况（损坏/完好）相关的费用ERI - Ecological and Radiological Fee 根据运输单据为所有需要生物和辐射检验的货物估定的费用ERS - Emergency Risk Surcharge 与马士基航运在处理货物中所承担风险相关的收费EXA - Examination Charge 与因各类检查而需要运送至检查（检验）站的集装箱相关的收费EXP - Export Service Charge 与设备放行、安排收箱/退箱、装卸或通知等出口服务供应管理相关的费用（不再对这些服务单独收费），费用覆盖的服务包括但不限于与应托运人、收货人或其代理要求递送运输单据相关的服务FFC - Freight Forwarder Commission/Brokerage –Origin. 为始发地代理服务向海运代理和/或海关经纪人支付的服务费FOC - Freight Forwarder Commission/Brokerage –Destination. 为目的地代理服务向海运代理和/或海关经纪人支付的服务费FRI - Free In 与装货、存储和捆绑相关的收费FRO - Free Out 与卸货、解绑和装卸相关的收费FTS - Freight Tax Surcharge 与政府收取的运费税相关，由马士基航运代托运人或收货人支付的附加费FUM - Fumigation 在托运人或政府机构要求熏蒸的情况下，马士基航运公司应为货物安排熏蒸。
所有与熏蒸（包括将货物运抵和运出熏蒸场所）相关的费用应归入该批货物的账下GEN - Genset 为由马士基提供的发电机组收取的费用HBL - House Transport Document Fee 由于内部运输单据的使用，需为始发地或目的地的管理支付的费用HDL - Lift On Lift Off 与将集装箱装上或卸下集装箱拖车相关的收费HEC - Garments on Hangers 与在马士基航运公司的设备中提供、安装和撤出服装架/挂栏服务相关的收费IBC - Transfer to Bonded Warehouse 应客户要求将集装箱运至保税仓库的服务ICF - Inland Cancellation Fee 与取消陆运相关的费用IEC - Inspection Empty Containers 与应托运人要求检查空集装箱相关的费用IFS - Import Intermodal Fuel Surcharge 与进口联运燃油成本相关的收费IHE –Inland Haulage Export 与安排出口联运相关的收费IHI –Inland Haulage Import 与安排进口联运相关的收费IHW - Inland Haulage Container Weighing 与客户或海关部门要求运输服务供应商为集装箱称重的陆运相关的费用IMO - Dangerous Cargo Surcharge 根据危险货物等级(IMO) 法规为具有危险性质的货物估定的费用IMP - Import Service Charge 与设备放行、安排收箱/退箱、装卸或通知等进口服务供应管理相关的费用（不再对这些服务单独收费）JTC - Probe Charge 与为海运/联运提供特殊冷藏集装箱和探测器相关的收费LBC –Carrier Provided Packaging 因由马士基航运公司为客户提供包装而收取的运输费用LDS - Late Documentation Fee 当托运人已将集装箱运送至出口港以待运输，但未遵守马士基航运公司的单据截收时间时所估定的费用。
此种情况下需收取单据延迟费LEG - Legalisation of Documents 与代表托运人完成单证合法化相关的收费LGC - Late Gate Fee 针对在告示时间后入港或出港的集装箱估定的费用MDF - Manual Documentation Processing Fee 为人工处理单证收取的费用MHH - Merchant Haulage 与运输单据覆盖范围外的运输相关的收费MST - Stop-Off Charge 为多站点陆运中产生的额外花费而支付的费用ODF - Documentation Fee - Origin 与始发地单证处理相关的费用OHC - Handling Charge - Origin 与始发港具体费用相关的收费OOG - Out Of Gauge Additional 针对货物尺寸超标估定的费用OPA - Transport Arbitrary - Origin 本费用属于附加费，针对通过始发地地海港的支线船或驳船运送的货物收取PAE - Port Additionals / Port Dues - Export 针对港口附加费估定的费用或针对马士基代港口向客户收取港口税估定的费用PAI - Port Additionals / Port Dues - Import 针对港口附加费估定的费用或针对马士基代港口向客户收取港口税估定的费用PCC - Panama Transit Fee 与穿越巴拿马运河的费用相关的收费PHI - Government Agency Inspection 与代表客户安排政府机构检验相关的收费PHY - Phytosanitary Certificate 与经政府证明，证实水果/蔬菜符合卫生要求的证明相关的收费PIO - Pick-Up/Drop-Off 与在客户指定的地点收箱或退箱相关的收费POS - Equipment Positioning Surcharge 与放置集装箱位置以配合出口货位相关的收费PRM - Primage Surcharge 与马士基执行塞浦路斯和土耳其港口集装箱的码头装卸作业相关的收费PSE - Port Security Charge - Export 与出口港安全费相关的费用。