卫——所
都指挥使司边疆守御所明的行政区划大体为省府二级制清代大体维护明朝行政区划，但总督与巡抚地位俨然东汉末年的刺史。
补充：中国古代对于边疆少数民族地区采取羁縻政策，一方面以军事、政治手段加以控制，一方面给粮给物，安抚。此政策一直实行至明朝。到了清朝，随着将军地等封疆大臣的出现，在边疆出现了一种全新的军政合一的新制度。
中央地方
刑部——提刑按察使司（监察）
兵部——都指挥使司（军事）
皇帝——中书省吏部省
（后撤销）户部承宣布政使司（民政）
礼部
工部
明朝开始出现总督、巡抚制，类似于西汉刺史、唐朝“十道巡察使”。
明朝的行政区划与唐朝类似，都指挥使司类似于节度使，掌边疆军政。
如下表
府——州——县
承宣布政使司内地
中央——省直隶——县